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增強CT和增強磁共振的準確率相當，尺有所短，寸有所長，二者各有優勢。增強CT對于肺內病變的檢出率高于增強磁共振，尤其是對肺內很小的病灶。對于輕微骨折，比如青枝骨折，增強CT的檢出率也高于磁共振。 增強磁共振也有一定的優勢，如神經系統疾病，包括腫瘤、炎癥、結核、膿腫、梗塞等病變的檢出率更高。因為磁共振是多參數、多序列掃描，可以從多個角度檢查病變，而CT只有密度指標。對于骨肌系統和實質臟器的病變，比如肝臟、胰腺，增強磁共振效果更好。