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自閉癥的診斷主要依靠臨床診斷，做核磁共振的目的主要是為了排除先天發育畸形，先天腦組織有先天性疾病，為了排除這些疾病所引起的腦組織功能狀態變化，所以需要做磁共振。但是診斷主要是靠臨床診斷，磁共振并不能診斷自閉癥，但現在有研究在涉及到這些領域，但也僅限于科學試驗。磁共振主要是基于腦形態學的變化和發現腦內病灶，在自閉癥患者往往腦內沒有實質性病灶或腦形態沒有發生明顯改變。做磁共振檢查主要是為了鑒別診斷、排除先天性畸形和腦組織的其它結構性病變來進行核磁共振檢查，并不是利用核磁共振來診斷自閉癥。 顱腦核磁主要是用于檢查腦內血管性病變，如腦梗死、腦出血。腦內感染性病變如腦炎、結核、腦膿腫。腦內腫瘤性病變如膠質瘤、室管膜瘤等。對于功能性病變，如自閉癥診斷不是特別敏感，也不是首選檢查方法，主要是利用磁共振檢查來排除腦的形態學變化，來達到從間接上支撐自閉癥的診斷目的。