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自閉癥孩子的發病原因，確切機制目前不清楚，沒有學說是大家比較公認的，自閉癥引起的原因，但是現在的研究發現與以下因素有關：1、遺傳性因素：與遺傳有關系，與基因和染色體的異常，尤其是基因異常有關系。已經發現較多的基因與自閉癥的發生有關，而且發現父母有自閉癥、孤獨癥譜系的病史，小孩發生自閉癥的可能性也高。通過雙生子的研究，即同卵雙生子，一個孩子患自閉癥，另外一個孩子患自閉癥的幾率也較高，都提示自閉癥有遺傳背景；2、社會心理因素：自閉癥的孩子通常與父母、家庭不和諧，父母與孩子的交流少，沒有訓練孩子與人接觸、語言的訓練，智力活動的參與缺乏，大運動的訓練的缺乏有較大關系。大多數自閉癥的孩子，小時候交流不多，父母關系也不好，父母給孩子說的少，都有關系。因此，小兒自閉癥造成的原因，可能是外部環境與遺傳背景相互作用的結果。還有許多的學說，有人現在研究發現與腸道的部分菌群紊亂等有關系，與孩子的孕期、宮內發育等也有關系，總之學說較多，確切的原因不清楚。