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腦梗塞在發生以后，在CT上一般需要24個小時才能發現，但是在核磁共振上需要10-60分鐘即可發現，顯然核磁共振具有非常大的優勢。在核磁共振上，白色影像稱為高信號，黑色影像稱為低信號。發生腦梗塞后，核磁共振有一個序列叫DWI，即彌散加權序列，這個序列在腦梗塞發生10分鐘到60分鐘的時候，DWI序列就可以發現病變，表現為高信號，就是白色的影像。這個序列圖像非常的粗糙，但是能非常早期的發現超急性期腦梗塞。 大約在腦梗塞發生6個小時的時候，核磁共振其它序列，比如T1加權、T2加權、FLAIR這些序列就都可以看見病變，但是需要的時間是6小時以上，每個序列表現也不同。總體上核磁共振檢查腦梗塞很有優勢，但是表現較為復雜。