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感染是導致移植相關死亡的最常見并發癥，造血恢復以后，體內的免疫細胞及功能尚未恢復到正常水平，通常需要6個月甚至1年以后才能重建正常的免疫功能。在移植早期，尤其是3個月內容易發生各種各樣的感染，最常見的是病毒的細菌真菌感染，特別是各種皰疹病毒以及以下罕見的如肺孢子蟲病等。感染可以累及各種臟器，表現為相應的癥狀，常見的是肺部感染、消化道感染、中樞神經系統感染、泌尿系統感染、皮膚軟組織感染、血流感染等： 1、呼吸系統：如肺部咳嗽、咳痰、咯血、呼吸困難甚至呼吸衰竭； 2、消化系統感染：惡心、嘔吐、腹痛、便血等； 3、神經系統感染：頭痛發熱； 4、泌尿系統感染：尿頻、尿急、尿痛等； 5、皮膚軟組織感染：通常能夠見到，比如有包塊、硬結、化膿、潰瘍等； 6、血流感染：血流感染是嚴重的感染，稱為膿毒血癥，嚴重者會導致休克甚至死亡。 患者一旦出現上述各種癥狀要及時就醫，移植的患者由于病情比較復雜，建議到移植單位由專門負責移植的醫生進行診治。再生障礙性貧血移植的患者有長期大量使用免疫抑制劑，特別容易發生真菌及病毒感染，所以要早期對肺部進行定期檢查，即使沒有癥狀，也要進行早期檢查，早期治療。