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結締組織病發生原因較為復雜，通常在遺傳背景下，由于環境因素導致免疫紊亂造成結締組織病。臨床上結締組織病概念廣泛，如系統性紅斑狼瘡、類風濕關節炎、系統性硬化、系統性血管炎等。各種疾病發病機制不同，主要由以下因素引起：1、環境因素：與病原微生物感染相關，如病毒、細菌感染，包括EB病毒、逆轉錄病毒等，還有部分病原體可導致腸道微生物紊亂，也可影響類風濕關節炎等疾病的發生；2、遺傳因素：相對較為復雜，各種疾病涉及易感基因不同。目前發現結締組織病為多基因疾病，但并不代表患者血親出現結締組織病則必患結締組織病，僅可說明有遺傳易感性；3、免疫紊亂：愿景與遺傳因素共同作用可致免疫紊亂，引起淋巴細胞活化、自身抗體產生、細胞因子釋放等情況，參與結締組織病的發生。