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紅斑狼瘡的病因以及發病機制目前還不是非常清楚，但在臨床研究以及基礎研究當中，發現系統性紅斑狼瘡的病因可以分為兩大類原因。1、遺傳相關的原因：一類就是和遺傳相關的原因，在部分流行病學還有家族的調查當中發現，如果紅斑狼瘡患者第一代親屬中有紅斑狼瘡的病人，親屬的發病率會比一般人群高8倍左右，所以系統性紅斑狼瘡和遺傳因素有關系。另外，在一些易感基因的研究上，也發現某一些基因的遺傳可能會導致系統性紅斑狼瘡的發病率，比其他人群要相應的增加。但并不是某一個單一基因的遺傳疾病，而是與多基因相關的疾病；2、環境因素：另外一大類病因就是環境因素，這種環境因素和比如紫外線的照射、一些病毒的感染以及雌激素的水平都有密切關系。所以紅斑狼瘡患者在這些病因的作用下，由于機體的免疫異常，導致了機體出現系統性紅斑狼瘡的自身抗體以及臨床表現的出現。