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目前根據移植物的不同可以分為骨髓來源，也可以分為造血干細胞來源，也可以來源于臍帶血，所以骨髓移植與造血干細胞移植是兩種不同的移植物。骨髓移植往往是從供應者體內進行直接采集，而造血干細胞的移植往往是對供應者進行處理之后，用細胞分離機把供應者體內的造血干細胞采集出來，所以骨髓移植與造血干細胞移植只是因為移植物的不同而進行區分。 在治療的過程中各有優點，各有缺點，因為采集骨髓的過程中除有造血干細胞以外，還有間充質干細胞，在患者體內更加容易成活，造血恢復的時間可能更快。造血干細胞的移植主要通過機器采集供應者體內的造血干細胞，不含有間充質干細胞以及其的血液細胞成分，所以進入患者的體內之后所產生的排異，包括恢復時間可能比骨髓移植稍慢，但是二者都可以治療惡性血液病，也都是移植的主要移植物，目前都在廣泛的使用之中，但造血干細胞有更多應用。