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不同細菌病種的病死率不同，比如毒力較強的耐甲氧西林葡萄球菌引起的化膿性細菌性腦膜炎，死亡率可達20%-30%。對于其它社區獲得性腦膜炎，如肺炎鏈球菌性腦膜炎經過早期治療后，治愈率達90%以上，但是此類患者起病均較急，如果早期未獲得積極治療，一般會威脅生命，導致患者死亡。 院內發生的細菌性腦膜炎，如葡萄球菌性腦膜炎，以及多重耐藥的鮑曼不動桿菌、肺炎克雷伯桿菌引起的腦膜炎，因耐藥導致顱內感染的死亡率都比較高，到目前為止認為多重耐藥細菌，尤其是耐碳青霉烯的肺炎克雷伯桿菌引起的腦膜炎，死亡率接近100%。