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甲胎蛋白最常見的是與肝癌密切相關，但是需要注意的是作為一種腫瘤標志物，甲胎蛋白并不是與癌癥一一對應，甲胎蛋白升高不一定就是肝癌，當然常見于肝癌。這是第一類，與腫瘤相關。另外，需要注意的是甲胎蛋白升高也不一定就是腫瘤。比如有些患者本身有慢性肝炎，如果肝炎處于活動期，導致肝臟的炎癥，在這樣的情況下，患者也有可能會出現甲胎蛋白升高，當然升高的水平有可能與肝癌患者升高的水平不一樣。總體上甲胎蛋白相可以作為肝癌的一個腫瘤標志物，相對比較敏感。但是有可能是提示其他的惡性腫瘤，比如非精原細胞瘤，還有一些在其他良性肝臟疾病患者中也會出現升高。