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一般環境因素和遺傳因素是先天畸形發生過程中起到關鍵作用的兩個因素，其中遺傳因素大概只占25%，環境因素以及環境因素與遺傳因素相互作用，和不明原因的大概占75%左右。有些唇腭裂患者在其直系或旁系親屬中可以發現類似的腭裂畸形發生。但是遺傳學家認為唇腭裂屬于多基因遺傳性疾病，是常染色體的隱性遺傳，不是每一代都能表現出來畸形。 唇腭裂有非綜合征性和綜合征性，非綜合征性的遺傳概率低，綜合征性的唇腭裂就遺傳概率高，所以唇腭裂遺傳性不能一概而論。對于非綜合征性唇腭裂的家族，家庭成員中越多人患有唇腭裂，血緣關系越接近，家庭中再發生唇腭裂的風險就會越高。如果曾經生過一個孩子是唇腭裂，下一個孩子是唇腭裂的概率是4%。如果兩個人都不是唇腭裂，家族也沒有，唇腭裂發生概率有1.82%。但是這個概率對于個體來說沒有太大意義，唇腭裂不是一種和遺傳性極為相關的疾病，只占25%，更多的因素是環境因素造成。