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胃鏡檢查時醫生常規進行快速尿素酶試驗，檢查幽門螺桿菌。通常將胃和十二指腸觀察后，在幽門附近5cm范圍內，夾取標本放入試劑觀察是否變色。排除口腔等干擾因素，直接在胃竇取標本，變成陽性準確說明有幽門螺桿菌產生尿素酶，定位準確。陽性(+)到(++++)說明感染程度較嚴重，但無準確數字，與尿素呼氣試驗有差別。胃鏡下還可以進行活檢，觀察幽門螺桿菌，部分醫生會采取該方式，但由個人意愿而定。對于堅決不愿意進行檢測患者，可以選擇尿素呼氣試驗替代，也可以根據醫生建議進行檢查。