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在進行常規體檢或肺部存在疾病時，應進行CT檢查。因為肺部多數為含氣囊腔，且肺泡以及支氣管內也存在空氣，對含氣組織進行磁共振檢查的分辨效率較低，但進行CT檢查時，能夠分辨肺部的生理性結構以及病理性變化，如高分辨CT、增強CT等。部分情況下也可以進行磁共振檢查，如懷疑兩肺之間即縱隔臟器存在疾病，尤其大血管疾病，也可以進行磁共振檢查。磁共振檢查也有助于區分縱隔及血管的病變，但多數情況下，CT檢查的分辨率更好。