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引起院內感染的致病菌當中，大多數見于耐藥菌，或者條件致病菌。條件致病菌在正常狀態下，不會引起健康人的感染，但長期住院、免疫功能低下時可以導致發病，主要分析如下：1、革蘭陽性菌：比較常見的是耐甲氧西林的金黃色葡萄球菌，也就是MRSA感染；2、表皮葡萄球菌：常見于各種導管插入，表皮葡萄球菌屬于機會性感染的細菌，正常狀態下寄生在人的體表，如果有各種導管插入，出現皮膚黏膜屏障的破壞，可以引起表皮葡萄球菌感染；3、革蘭陰性菌：相對引起感染的概率比較高，常見的大腸桿菌、肺炎克雷白桿菌、陰溝腸桿菌等通常是院內感染的細菌。尤其是產生超廣譜β-內酰胺酶的菌株，引起院內感染的概率相對比較高；4、耐碳青霉烯類腸桿菌：是最近這些年出現的致病菌，也稱為CRE，現在院內感染的概率相對越來越高；5、非發酵菌：比如銅綠假單胞菌、鮑曼不動桿菌、嗜麥芽窄食單胞菌，以及洋蔥伯克霍爾德菌、產堿桿菌等，引起院內感染的概率相對比較高，尤其在重癥監護病房。