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胃腸道間質瘤患者如果術后需要服用靶向藥，一般應在術后3-4周開始服藥。因為術后3-4周開始服藥，主要還是考慮患者的身體恢復情況。畢竟手術，尤其是開腹的手術，對患者本身是一種創傷，只有休養好了，才能應對開始服藥之后可能出現的各種靶向藥物的副作用。根據基因檢測的結果，大多數患者最開始服用的多是伊馬替尼，但是大約有一半復發或者轉移的胃腸道間質瘤患者，會在服用伊馬替尼之后2年內再次出現耐藥的情況，此后可能需要服用二線、三線和四線的靶向藥物。如果手術以后基因檢測結果是PDGFRα D842V突變，這時候服用伊馬替尼是無效的，所以建議服用阿伐替尼。