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痰檢內容較多，主要是針對肺部感染性疾病進行病原學檢查，痰液培養是最常用的痰檢方法。 部分呼吸系統疾病可直接通過痰檢進行疾病的確診，如肺結核。但由于咳痰很容易混入口腔分泌物、牙齦細菌等，容易造成樣本污染，導致痰檢結果也不一定可靠。此外，痰檢一般無法對定植菌的感染和致病菌感染進行區分，需通過纖支鏡提取灌洗液進行病原學檢查。