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免疫組化分析存在誤差，首先技術上有完整的質量控制，在免疫組化的操作當中，必須有適當陽性與陰性對照。如對照組被忽略或者是不理想時，免疫組化染色的結果就要謹慎判讀。每一種免疫組化的抗體試劑都有各自的特異性和敏感性，沒有一種免疫組化的抗體是完美、理想的。 往往在病理診斷中會選用一組抗體，比使用單一的抗體更準確。免疫組化的正確結果，不僅要依靠技術、步驟上規范化的操作，更要有正確合理的判讀。在報告免疫組化染色結果時，不應該孤立的解釋，而應該考慮到診斷與鑒別診斷的疾病，所應用的抗體的特性、病變組織的性質，同時還要注意假陽性與假陰性的干擾。 所以，病理醫生和病理科的技術人員，不僅要充分認識到免疫組化的缺陷，而且要努力避免由于缺陷和不足給診斷帶來的誤區。病理醫生和技術人員也在工作中不斷的學習和研究，努力實現免疫組化、規范化、標準化，才能真正發揮免疫組化在病理診斷中和臨床治療中的指導作用。