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奧美拉唑和蘭索拉唑同屬于質子泵抑制劑，作用的靶點都在胃體腺壁細胞上，抑制氫離子的分泌，從而達到抑酸效果。由于兩種藥物的分子結構式的側鏈有所不同，就造成兩個藥物在生物利用度，也就是藥代動力學上有一定的區別。奧美拉唑是第一代，也是世界上第一個產生的質子泵抑制劑，蘭索拉唑的生產時間比奧美拉唑晚。因此，從分子結構上，蘭索拉唑比奧美拉唑具有優勢。蘭索拉唑的生物利用度比奧美拉唑高，在服用同樣劑量的情況下，蘭索拉唑的有效藥物濃度高，抑酸強度比奧美拉唑強，臨床效果也比奧美拉唑好。蘭索拉唑脂溶性比奧美拉唑更強，更容易進入到壁細胞內，更快產生抑酸效果，所以起效時間比奧美拉唑要長。通常服用奧美拉唑，要三天后，才能達到有效血藥濃度，才能起到很好的抑酸效果。蘭索拉唑起效時間明顯比奧美拉唑短，所以在治療酸相關性疾病時，在選擇質子泵抑制劑時，要根據不同病情、不同抑酸需求，選擇奧美拉唑或者蘭索拉唑。如果患者病情相對較重，或者希望更快達到抑酸效果，使這疾病能更快得到恢復，蘭索拉唑效果可能要優于奧美拉唑。但是對于這兩個藥物，由于人體對奧美拉唑或蘭索拉唑，體內代謝的酶，基因多態性不同，有可能患者對于拉唑類的代謝較快，不管服用哪種藥物，可能血藥濃度都難以維持非常高的水平。因此，這個是因人而異，與體內的酶有關。