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肺部感染性疾病是臨床較為常見一類疾病，例如肺炎或慢阻肺。對于病原體確定相對困難，需要結合患者臨床表現。臨床確定病原體主要有以下幾種方法： 1、最簡單的是痰培養，患者咳痰較方便，收集患者痰液送到實驗室培養，大部分可以明確患者細菌方面的病原體； 2、抽血，送檢血培養，與痰培養有異曲同工之妙，基本類似； 3、可以通過支氣管鏡進行肺泡灌洗，灌洗液送檢培養，或送檢特殊染色、送檢涂片等。這些都是原來傳統進行病原學診斷的方法，雖然傳統，但確實非常有效； 4、NGS即基因測序，通過痰或肺泡灌洗液提取病原DNA或RNA，通過基因測序方法明確到底是何種病原體，臨床使用越來越廣泛，可得到明顯獲益。