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小腸鏡檢查的住院時間根據病因不同而有所差異，單純的小腸鏡檢查通常只需1-2天即可完成。而在檢查過程中，醫生會評估小腸有無病變，包括不明原因的消化道出血、不明原因的腹痛以及特殊疾病，如家族性息肉病、PJ綜合征等。此時還需完善其他原因，如患者存在不明原因的消化道出血，除小腸鏡外，還需進行胃鏡、腸鏡的初步篩查以及腹部CT甚至小腸CT，可能還需要進行核素檢查。若上述檢查無法明確診斷，則可能會采取小腸鏡檢查。小腸鏡分為經口小腸鏡及經肛小腸鏡，不同醫院所進行檢查的方式存在區別。在部分醫院中，經口小腸鏡與經肛小腸鏡可在1天內完成，但多數醫院會分2次完成，所以小腸鏡的單純檢查在1-2天即可完成。但若患者需進行其他檢查，則時間可能會有所延長。