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頭顱核磁共振是核磁共振檢查的主要檢查項目，可以從不同角度，通過不同序列來反映腦組織形態、大小，還有發現腦組織內的病灶是否存在、范圍以及毗鄰結構。頭顱核磁共振對于腦血管病，如腦梗死、腦出血、腦缺血、腦血管畸形，包括常見的腦腫瘤、腦外傷、腦白質病、腦變性病、腦先天發育畸形、脫髓鞘壁都有非常好的診斷作用。患者進行治療后可以通過多次核磁共振進行檢查，對治療效果進行療效評估，因為核磁共振沒有電離輻射，可以多次反復進行檢查。 核磁共振成像在顱腦還有一種成像方法叫做波譜成像，可以對病灶局部進行化合物分析，深入到了分子水平。能看腦組織里的病灶范圍內化合物與正常腦組織的里面的化合物區別，判別腫瘤病灶的性質、病灶良惡性到底是腫瘤還是炎癥，主要起到鑒別診斷的作用。核磁共振還包括白質束成像、腦功能成像，有助于制定手術的計劃。核磁共振成像有許多分支項目，但都是腦組織檢查的金標準。磁共振檢查在腦和脊髓病變中具有很大優勢，有利于進行治療前的診斷與鑒別診斷，以及治療后的療效評估，所以是醫生非常有利的望遠鏡和顯微鏡。