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嬰兒查過敏原，最常用的方法是抽血檢查特異性IgE。這種檢查通過評估特異性免疫球蛋白E這個指標，來確定過敏原是什么，這是主要的篩查方法。但這只是一個篩查手段，并不十分確切，因為這種測量存在誤差。更為確切的方法是針刺實驗，即將某過敏原置于皮膚上，觀察皮膚反應。這是相對準確的方法。但此方法存在缺點，一是有損傷性，嬰兒不易接受。二是嬰兒皮膚嬌嫩，難以判斷皮膚反應是由于局部皮膚刺激還是注射的過敏原所致。因此，嬰兒查過敏原，目前比較常用的方法還是抽血，檢測IgE水平，再結合特定食物的特異性IgE水平，來判斷是否對食物有過敏。某些地方還查IgG，但這不太準確，因為IgG在過敏疾病中的作用目前尚有爭議，且檢測此指標的準確性不高。所以查過敏原時，應重視特異性IgE過敏原的檢測，才是相對準確的方法。