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免疫性甲狀腺炎臨床上常見橋本甲狀腺炎，是一種器官特異性自身免疫性疾病，病因較復雜。遺傳因素與環境因素相互作用以及年齡、性激素等協調作用而發病，具有家族聚集現象與甲狀腺自身抗體的產生存在相關性。 遺傳因素方面，最受關注的為HLA二類基因，尤其為DQ位點作用，HLA-DQA2A0301基因與橋本甲狀腺炎易感性明顯相關；細胞凋亡與橋本甲狀腺炎的發病也密切相關，淋巴細胞浸潤可參與細胞凋亡發生及發展。 橋本甲狀腺炎甲狀腺濾泡細胞高表達為Fas和FasL。浸潤淋巴細胞中，FasL表達極其微弱，常提示細胞毒性；T淋巴細胞于橋本甲狀腺炎發病中所起的作用并非通過其表達FasL直接殺傷甲狀腺濾泡細胞，而是通過釋放某些細胞因子，如白介素-1、白介素-2等上調FasL從而使甲狀腺濾泡細胞發生凋亡。