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檢查糞便的常用方法有以下幾種：1、白細胞檢查：如果白細胞升高，提示可能有腸道感染；2、潛血試驗：可以判斷是否存在消化道出血；3、糞便檢查：可以觀察糞便中各種細菌的比例，也可以進行糞便培養，此外可進行糞便蟲卵檢查，檢查是否存在寄生蟲感染；4、幽門螺桿菌檢查：幫助檢測糞便中的幽門螺桿菌抗原；5、難辨梭菌檢查：對于經常出現腹瀉，特別是近期應用大量抗生素的患者，可以進行糞便難辨梭菌檢查，判斷是否存在特殊問題；6、早癌篩查：如DNA甲基化檢查可以判斷發生結腸癌的可能性，如果早癌篩查標記為陽性，需要進一步做結腸鏡檢查明確診斷。