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胃腸道間質瘤的確診目前仍需要病理診斷。胃間質瘤生長于胃黏膜下層，通常從肌肉層內開始生長，所以在較早期時，可能僅為胃黏膜的隆起，較難進行活檢或直接胃鏡下活檢確診。 胃間質瘤通常需要進行超聲胃鏡、腹部的CT進行判斷腫塊位置，通過上述檢查方法可以找到胃內的腫瘤。但是如果需要確診仍要依靠病理活檢，可以在超聲胃鏡下進行胃腫塊穿刺活檢，有些腫塊較靠近腹壁，也可在超聲下定位進行腫塊穿刺活檢。