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耐藥是結核分枝桿菌非常重要的生物學特性，與治療成敗關系密切。 目前認為結核耐藥的發病機制主要是由于藥物作用的靶點突變導致，耐藥的發生原因與不規律用藥或單一用藥有關。在治療過程中需遵醫囑，規范用藥、聯合用藥才能夠有效減少結核耐藥性的發生。 結核耐藥的檢測主要包含結核菌的培養、藥敏檢測、分子生物學檢測，可以通過實時PCR技術來檢測結核相關耐藥基因，也可以應用X-Pert快速核酸檢測，直接從痰液中檢出結核分枝桿菌并判斷對利福平是否耐藥，其敏感性和特異性優于目前的其它檢測方法。