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松果體腫瘤診斷依據可根據患者腦積水的表現，出現中腦四肢體受壓、下丘腦損傷的癥狀，再結合影像學和實驗室檢查，可診斷典型的松果體腫瘤。 實驗室檢查包括腦脊液檢查，松果體腫瘤易發生脫落，可在患者腦脊液中找到脫落的腫瘤細胞，對診斷和治療方法的選擇具有重要意義；腫瘤標志物檢測，松果體腫瘤患者的血清、腦脊液中甲胎蛋白、絨毛膜促性腺激素，以及癌胚抗原升高；檢測標志物的變化再結合其他資料診斷，對松果體腫瘤的診斷具有重要的臨床意義。 生殖細胞腫瘤和惡性畸胎瘤，患者腦脊液中甲胎蛋白、HCG、CEA含量增高明顯。HCG升高以及絨毛膜上皮細胞癌最為明顯，依次是生殖細胞瘤、胚胎瘤以及內胚竇瘤。 甲胎蛋白升高以內胚竇瘤為主，其次見于生殖細胞瘤、畸胎瘤以及絨毛膜上皮癌。影像學檢查頭顱X光，可以看到顱內壓增高、顱骨指壓征、顱縫增寬、以及松果體區異常鈣化。十歲以下兒童松果指數有鈣化，十歲以上松果體區的鈣化超過1cm，可以考慮松果體區腫瘤的可能。