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垂體核磁共振是針對于垂體局部的核磁掃描，所以沒有辦法看到全部的頭部。但是如果做頭顱核磁的平掃，就可以看到垂體位置。垂體磁共振是針對于蝶鞍上垂體局部的掃描，僅能看到蝶鞍、垂體、垂體柄以及上方的穹窿、顳葉內側等結構，而無法看到其他部位的腦組織。頭部核磁平掃可以在矢狀位圖像上清晰看到垂體的情況，但是由于掃描的寬度，以及僅有矢狀位這個位置可以明確看到垂體，所以如果考慮垂體的病變，還需要進一步進行垂體核磁的詳細掃描，這個時候就會包括矢狀位、冠狀位等。將局部放大進行薄掃，可以更清晰地看到垂體病變。