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大腸埃希菌屬于革蘭氏陰性桿菌，所以治療大腸埃希菌感染可以選擇對革蘭氏陰性桿菌敏感的抗生素。對革蘭氏陰性桿菌敏感的抗生素的種類較多，初期可以根據經驗選擇頭孢哌酮鈉舒巴坦鈉等第三代頭孢類抗生素，也可以選擇莫西沙星、環丙沙星等喹諾酮類抗生素，或者依替米星等氨基糖苷類抗生素。但若療效不佳，尤其對于住院患者獲得的大腸埃希菌感染，需警惕耐藥菌出現的可能性，應首選亞胺培南、必安培南、美羅培南等碳青霉烯類抗生素進行治療。另外，應盡量根據細菌培養加藥敏的結果選擇敏感抗生素，治療效果會更加理想。