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CT能夠診斷病變是否為肺結核，但是不能取代細菌學檢查。CT經驗豐富的醫生能夠觀察目前肺內病灶大小、有無淋巴結腫大，判斷病變是否是肺結核。如果需要確診肺部病灶是肺結核，必須進行細菌學檢查，確定病灶內有結核桿菌，也稱為結核抗酸桿菌。此外，可以通過病灶穿刺取活檢、痰液涂片找結核菌，或者通過痰液培養以及PCR檢測判斷有無結核桿菌的核酸，即通過細菌學的手段、分子生物學的手段確診疾病是否是肺結核。