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胃腸道間質瘤基因檢測為野生型，指的是病理診斷符合胃腸道間質瘤，但是分子檢測沒有C-KIT或者PDGFRα基因的突變。約85%的兒童胃腸道間質瘤和10%-15%的成人胃腸道間質瘤為野生型。根據是否有SDHB表達缺失，野生型胃腸道間質瘤大致可以分為以下兩大類：1、SDH缺陷型：包括SDHA突變型、散發性GIST、Carney三聯征相關性及Carney-stratakis綜合征相關性；2、非SDH缺陷型：包括BRAF突變、Ⅰ型神經纖維瘤病相關性、K/N-RAS突變及四重野生型。檢測結果為野生型，意味著腫瘤對傳統的靶向藥可能不敏感，甚至出現耐藥的情況。治療方法上，SDH缺陷型胃腸道間質瘤通常對伊馬替尼不敏感，因此如果是局部腫瘤，手術切除是主要的治療方法，但復發也比較常見。靶向藥舒尼替尼和瑞戈非尼可能使部分患者獲益。對于非SDH缺陷型患者，BRAF突變型可受益于BRAF抑制劑，包括BRAF-MEK聯合抑制劑。不同基因突變的野生型胃腸道間質瘤，其臨床表現和治療反應也各有不同。使用合適的靶向藥物，提高這類患者的治療效果，也是臨床醫生不斷探索的話題。