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幽門螺桿菌的檢查方法目前分為侵入性和非侵入性檢查兩種。侵入性檢查有快速尿素酶試驗，通過獲取胃黏膜組織，以尿素緩沖液和對酸堿度敏感的指示劑的檢測條顏色變化來判斷是否感染有幽門螺桿菌，敏感性比較強，但有一定假陰性和陽性率。組織學檢查靈敏度和特異性高達95%，但成本比較高，應用有限。細胞培養的優點是準確，但技術要求比較高，費用比較高，時間比較長。目前在臨床上主要用于治療耐藥患者，采取細胞培養。多聚酶鏈式反應僅限研究領域，非侵入性檢查有抗體檢測試驗，費用相對比較低，但只能證明曾經感染過幽門螺桿菌，但不能確定現在是否感染幽門螺桿菌。 尿素呼吸試驗目前是最廣泛的檢查方法，有無痛、非侵入性、便利、病人容易接受。主要根據生物體尿素酶活性來鑒別是否有幽門螺桿菌感染，吸入用非放射性同位素碳13或放射性同位素碳14標記尿素，對呼出的二氧化碳進行定量檢測，目前是作為檢測幽門螺桿菌感染和治療后復查的主要檢查方法。糞便抗原試驗是通過多克隆抗幽門螺桿菌抗體的酶免疫分析法，來鑒別糞便中是否存在幽門螺桿菌抗原。該檢查方法比較便利，但要獲取糞便，病人依從性有限制。