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治療大腸桿菌沒有所謂的特效藥，但是有些藥物對細菌比較敏感。例如喹諾酮類藥物對革蘭氏陰性桿菌，相對比較敏感，常用的有左氧氟沙星、利復星等，皆是較為廣譜，且靶向性較強的抗生素。當懷疑是大腸桿菌引起的腹瀉、結腸炎等，可以嘗試進行經驗性治療，給予一些喹諾酮類藥物。另外考慮大腸桿菌感染引起的腹痛、腹瀉等，還可以給予調節腸道菌群的藥物。比如常用的有雙歧三聯、雙歧四聯、整腸生等。因此使用喹諾酮類藥物，還有調節腸道菌群類藥物，能夠達到抑制有害菌群生長、增加腸道有益菌群，以及減少患者腹痛、腹瀉和腸道菌群失調癥狀的目的。