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分枝桿菌的培養也是按照分枝桿菌的生長規律，依據分枝桿菌對營養和代謝所需要的條件，能夠營造出一個有利于分枝桿菌生長，而抑制其它細菌生長的環境，達到分離的目的。 根據分枝桿菌培養基的不同，主要有固體和液體培養的方法。固體培養方法是用固體培養基，酸性培養基，利用分枝桿菌有較厚的細胞壁，所以能夠耐受酸或者堿的特點。 在國內目前主要用堿性消化液處理，所以用的培養基是酸性培養基。堿性消化液處理以后就可以直接把消化液接種在酸性培養基上，酸性培養基就能中和堿性標本處理液，分枝桿菌就能在酸性培養基生長。 液體培養基一樣有前處理的過程，但是主要用于自動化分枝桿菌的培養系統，通過儀器檢測的是分枝桿菌生產過程中產生的化學信號等的變化，自動監測結果。 接種后一般固體培養基要2-4周出陽性報告，8周出陰性報告，而液體培養基1-2周出陽性報告，6周出陰性報告。