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胚胎在培養到第3天或者第5-7天之后，會選擇一些不需要進行移植的胚胎，或者移植后剩下多余的胚胎進行冷凍保存。 冷凍保存的過程有專門的冷凍保存液。首先會把胚胎放到冷凍保護液里面，對它進行脫水過程也就是皺縮過程，這個過程主要是為了避免后期冷凍因為含水量太多、液體量太多導致冰晶形成，而對胚胎帶來損傷，所以會先進行皺縮。 第二步就是把含有胚胎的冷凍保護液放到專門進行胚胎冷凍的載桿上，最后把它裝載完之后放到液氮中，也就是-196℃的環境中進行冷凍保存。 這個過程要在顯微鏡下進行操作，每一步包括胚胎的皺縮過程、胚胎的裝載過程都是有嚴格的時間控制的，這些嚴格的操作都是為了保證胚胎的復蘇率、存活率以及凍胚移植的妊娠成功率。