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胚胎發育遲緩的機制目前還是不明確，一般認為胚胎發育遲緩和胚胎的染色體異常有關。胚胎從受精卵到胚胎分裂、分化等一系列復雜的變化，最終會產生一個新的個體。在這一過程中胚胎發生最頻繁的遺傳物質的復制和分離。在這個過程中，精準的調控是保住子代正常生長發育的關鍵，而每一步出錯就可能導致胚胎發育異常，導致胚胎停滯。細胞的周期檢查點可以監控細胞周期中關鍵的事件，以便及時糾錯，如紡錘體組裝檢查點，是非常重要的監視通路，它能夠通過控制染色體的錯誤分離，子代細胞內的染色體數目異常而非整倍體是導致胚胎早期發育停滯、流產和出生缺陷的重要原因。胚胎植入前遺傳學診斷檢測的數據也表明，胚胎的非整倍體的發生率在30%-70%左右。一項對異常發育停滯胚胎的研究也表明，在異常的胚胎中也會出現輕度異常、中度異常和混亂異常的胚胎染色體存在。這些是因為在這些發育停滯的胚胎中的胚胎糾錯功能去發揮作用。因此，囊胚的染色體異常會有所改善，是因為胚胎有自我糾錯功能所造成的。