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引起腹瀉的病毒較多，如兒童輪狀病毒感染，以及聚集性的病例，如諾如病毒。新型冠狀病毒也有胃腸道癥狀，如腹瀉。不是每個出現腹瀉癥狀的患者都需使用抗菌素，多數病毒引起的腹瀉存在自愈性，屬于人體調節的過程。在秋天，兒童輪狀病毒腹瀉較為常見，可以表現為發熱、腹痛、蛋花湯樣糞便，通常能自愈好轉。聚集性病例，如在幼兒園、醫院等聚集地，出現集中性腹瀉嘔吐，諾如病毒就是罪魁禍首之一。病毒引起臨床腹瀉過程，情況嚴重時，需及時到醫院相應門診治療。部分病毒需要按照標準的法定傳染病隔離上報。