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真菌感染引起的疾病稱為真菌病。根據病變部位不同，將真菌感染性疾病分為淺表真菌感染、皮膚真菌感染、皮下真菌感染、系統性真菌感染。隨著大劑量免疫抑制劑、化療藥物、廣譜抗生素的濫用，使免疫抑制的患者逐漸增多，真菌感染的患者病死率在全球呈上升趨勢。臨床上常用的真菌感染的診斷方法主要是直接涂片法，真菌培養法、病理學組織學檢查等。真菌涂片檢查是真菌檢測首選步驟，其優點在于簡便、快速，在無菌部位的陽性結果可直接確診為真菌感染。例如宮頸液基細胞學檢查的涂片中，可以看到大量的菌絲和孢子，可確定真菌感染。如果在某些標本如糞便、痰液，存在少許的真菌是正常的，此時應該考慮真菌的數量和臨床癥狀，綜合考慮后再確定是否為真菌感染。