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克羅恩病目前的病因和發病機制不清楚，與環境因素、遺傳、感染、免疫因素有關系。腸道的正常菌群，導致異常的免疫反應，可以導致克羅恩病的發生。如果他的免疫反應是異常的，那么腸道里面的正常細菌可以導致這個疾病的發生。但是如果他的免疫是正常的，那么這些細菌它不會導致克羅恩病的發生。有一些細菌，可以導致菌群失調，可以誘發克羅恩病。腸道本身的正常的菌群，也可以誘發，也可以導致克羅恩病。但如果是正常免疫反應的人，他是不會犯病的。所以一般不會傳染。