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慢粒白血病發病機制為9號和22號染色體易位形成新的費城染色體，此染色體產生融合基因，進而導致BCR-ABL融合蛋白的形成，而融合蛋白發出信號使粒細胞不再死亡，從而堆積在血管和器官中形成慢粒，因此費城染色體是慢粒白血病重要的發病機制。導致費城染色體出現的具體原因目前尚未有準確定論，推測可能與電離輻射、環境污染、患者的免疫狀態和心理狀態等有關。