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腦干膠質瘤是顱腦中最常見的原發性腫瘤，腦干膠質瘤屬于膠質瘤的一種，目前所有膠質瘤的病因尚不明確。腦干膠質瘤屬于中性膠質瘤，好發于兒童，目前研究表明有較大可能是基因突變所引起，基因突變后腫瘤出現活躍性增長且不可控，腫瘤逐漸增大最終形成癌癥。基因水平發生改變是導致腦干膠質瘤的內因，其外因可能與長期接受大劑量輻射、接觸亞硝胺類化合物或含苯的化學藥物，以及食用霉變的食物有關。