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在胃鏡下檢查幽門螺桿菌可以分為快速尿素酶試驗和病理組化檢查，即嗜銀染色，可以明確是否存在幽門螺桿菌的感染。如果是通過嗜銀染色發現有幽門螺桿菌的感染，在臨床上認為是金標準，提示肯定存在幽門螺桿菌感染，最為準確。但如果與快速尿素酶試驗相比，呼氣試驗可能更客觀、更準確，呼氣試驗得到的是檢測陽性或陰性的一個數值。而快速尿素酶試驗則是通過顏色的改變判斷，如果顏色改變非常顯著，結果呈(+++)，甚至(++++)，也可確定存在幽門螺桿菌感染。但如果結果是(+)，則不能明確判定是否存在幽門螺桿菌感染。由此可見，胃鏡檢查Hp有可能會存在一些假陰性或假陽性的情況，而呼氣試驗是目前相對較為標準的檢測方法。但如果受檢者服用某些藥物，如抗生素、鉍劑或質子泵抑制劑，則可能會影響檢查結果，因此，在進行呼氣試驗之前需要停用抗生素4周以上，停用各種治療胃部的藥物2周以上，才能保持檢查結果的準確。