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強直性脊柱炎的病因及發病機制較為復雜，主要如下：1、遺傳易感因素：強直性脊柱炎具有高度遺傳傾向，通過對強直性脊柱炎患者家系及孿生進行研究獲取相關基因，認為是多基因模型，最主要為HLA-B27基因，通常HLA-B27陽性人群發生強直性脊柱炎概率可為陰性者的200-300倍；2、外源性環境因素：微生物肺炎克雷伯桿菌，以及腸道病原微生物如志賀菌、沙門菌等，以及沙眼衣原體等病原菌感染，均參與強直性脊柱炎的發生；3、免疫因素：為最重要因素，外界病原體可能與自身抗原成分形成交叉免疫反應，導致免疫紊亂。