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最常用的磁共振檢查現在主要應用的是氫質子成像，氫質子在靜磁場中，通過磁共振現象產生磁共振信號而形成圖像，同樣也可以應用其他的質子成像，像鈉質子成像。由于人體氫質子的含量最多，而且成像的質量也比較好，因此最常規的是采用氫質子成像。磁共振掃描，常規的是多參數、多層面的掃描，可以清晰地顯示人體組織的解剖結構。但是做磁共振檢查有一些注意的事項，像具有心電起搏器的病人，或者危重的病人，不能夠進行磁共振檢查。磁共振檢查對含氫質子比較少的部位，像肺部和骨皮質這樣的部位顯示得不夠理想。