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正常人體菌群是在與宿主共同進化中，演變形成的人體共生細菌。人是與共生微生物構造的超級生物體，人體中寄宿著數以百萬億的微生物，其數量遠超人體本身的細胞數量。身體是由10^13個細胞構成，并攜帶10^14個細菌細胞，由此可見，細菌細胞的數量是人體細胞的10倍。人基因組有3萬個基因，還攜帶300萬個細菌基因，其基因數量是人體的100倍，所以微生物對人體健康有重要影響。人體正常菌群種類有1000多種，平均重量在1.5公斤，相當于肝臟重量。主要分布于腸道、皮膚、口腔、呼吸道以及泌尿生殖道，多數定植于腸道。腸道的微生物，主要包括細菌、古細菌、真菌及病毒等，其中90%以上為細菌。各部位由不同的特異性菌群構成，此類菌群分常居菌群和暫時菌群。人體內的正常菌群，主要作用如下：1、菌群間相互制衡：正常菌群間相互制約，可以維持微生態平衡、阻止和干擾，其他新的微生物定居；2、激發宿主免疫發育：正常菌群的細胞成分或代謝產物，如內毒素，能激發宿主免疫系統發育；3、抵抗致病菌：正常菌群中的細菌與致病菌，有共同的抗原，能夠提高宿主對致病菌免疫力；4、合成有益物質：正常菌群能在腸道合成部分維生素和抗菌物質，而腸道菌群作為數量龐大和種類繁多的微生物，對人體健康有著重要的意義。人的腸道菌群，影響著人類的基因表達，與疾病有著密切關系，如腸道炎癥性疾病、肝臟疾病、心血管系統疾病、代謝疾病、過敏性濕疹、器官衰老、腫瘤以及孤獨癥、自閉癥、抑郁癥和阿爾茨海默癥等。