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抗甲狀腺過氧化物酶抗體一般在自身免疫性疾病時，可以出現升高。這是由于機體把甲狀腺當作抗原，產生自身抗體。血液檢測可以發現甲狀腺球蛋白抗體、微粒體抗體升高，一般提示機體發生自身免疫性疾病，常見疾病有橋本甲狀腺炎、彌漫性甲狀腺腫伴甲狀腺功能亢進癥、皮肌炎、斯蒂爾病、系統性紅斑狼瘡、類風濕關節炎等自身免疫性疾病。如果是橋本甲狀腺炎，出現上述抗體升高時，還可出現微粒體抗體升高。隨著病變進展，淋巴細胞逐漸代替甲狀腺組織，發生甲狀腺功能減退癥。彌漫性甲狀腺腫伴甲狀腺功能亢進癥也是自身免疫性疾病，也可出現抗體升高。但是此疾病抗體升高的程度，沒有橋本甲狀腺炎抗體升高幅度大。所以還會出現一些相關臨床癥狀和體征，如甲亢時出現高代謝癥候群，橋本甲狀腺炎最終發生甲狀腺功能減退癥。因此單純抗體升高并不提示發生疾病，要根據其它臨床癥狀、體征，來確定哪個腺體或者組織發生病變。