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根據理論而言，基因重組疫苗優于滅活疫苗。滅活疫苗主要是在體外選擇的免疫性較強的病原體，進行人工繁殖，再通過物理或者化學的方法使其滅活，再通過純化等工藝，最終制成的疫苗。滅活疫苗的免疫性相對更低，所以需要多次注射，而且注射的量也更大，保護期可能相對更短。基因重組疫苗是采用基因工程的技術，選擇部分比較特殊的基因片段，通過病毒載體制成的疫苗，免疫性較強。注射后機體的免疫反應更強，產生抗體的陽性力更高，抗體的滴度也更高。一般注射一次即可，且保護期可能比滅活疫苗更長。因此，基因重組疫苗的保護性以及保護期，可能優于滅活疫苗。