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CT成像主要利用X射線，所以可能會對人體造成輕微損害，當然可以忽略不計。核磁成像主要是巨大的磁場，沒有輻射的問題。CT和核磁在檢查的疾病譜方面還是有一點差別，比如核磁共振在腦、脊髓、骨關節系統、生殖系統優勢很明顯，雖然CT也有一些長項，但是總體上核磁會更好。在胸部檢查的時候，尤其是在肺，核磁共振基本沒有太大意義。 CT尤其在肺癌的篩查和診斷方面意義重大，常能在肺癌出現癥狀的2-3年以前就可以發現，甚至更早的時間發現。建議尤其是在早期肺癌的篩查上重點用CT，不要用X線。在腹部、實質臟器、胃腸道的檢查，CT具有明顯的優勢，又快又準。核磁共振雖然有的一定的優勢，有一定的長處，但是總體上不如CT。所以CT和核磁不能一概而論，各有優勢，各有特長。