芽孢（spore）某些細菌生長的一定階段，在細胞內形成一個圓形、橢圓形或柱形的休眠體。由于它位于細胞內，為區別放線菌、霉菌等形成的分生孢子，故又稱內生孢子（endospore）。芽孢有厚而致密的壁，不易著色，用電鏡觀察可見，成熟的芽孢具多層結構（圖3）。芽孢形成的位置、形狀、大小因種而異，是分類鑒定的重要依據之一（圖4）。產生芽孢的桿狀細菌主要有芽孢桿菌屬（Bacillus）、梭狀芽孢桿菌屬（Clostri-dium）和芽孢乳桿菌屬（Sporolactobacillus）；球菌中產芽孢的僅芽孢八疊球菌屬（Sporosarcina）。形成芽孢需要一定的外界條件，這些條件因菌種而異。例如炭疽芽孢桿菌在有氧（O2）條件下才能形成芽孢，而破傷風芽孢桿菌則在無氧條件下形成芽孢。芽孢對惡劣環境條件有很強的抵抗能力，尤其耐高溫。如肉毒梭狀芽孢桿菌的芽孢，在沸水中可存活6小時，在180℃的干熱中，10分鐘仍可存活。在一定條件下，芽孢保持活力數年至數十年之久。高溫滅菌的主要目的就是殺死細菌的芽胞。芽孢在適宜條件下萌發成新個體，但一個芽孢只產生一個營養體，所以芽孢不是一種繁殖方式。對細菌芽孢知識的了解，在科研和生產上都十分必要。