由于前列腺脂質包膜的屏障作用，大多數抗菌藥物難以進入前列腺內達到有效的抑菌濃度，只有脂溶性高的堿性藥物；與血漿蛋白結合少，離解度高的藥物；對前列腺脂膜彌散性好的藥物才有可能發揮較好的療效。符合這些條件的藥物有磺胺增效劑、復方新諾明（內含磺胺增效劑）、紅霉素、林可霉素、利福平、氟哌酸等。此外，氟嗪酸、美滿霉素、泰利特等藥物療效更佳。不過，有些從理論上講效果很好的藥物，實際上療效卻并不滿意。比如，有人報告一組磺胺增效劑或復方新諾明持續12周治療的慢性前列腺炎患者，僅僅1/3獲得治愈。究其原因是前列腺炎患者局部的酸堿度發生變化影響了藥物的進入和治療作用。因此，無論是吃藥、打針，還是靜脈滴入或者塞肛用藥，治療效果均不理想。可見，臨床選擇抗生素必須綜合考慮，應該結合前列腺液細菌培養和藥敏試驗的結果決定用藥種類，并根據臨床治療效果加以調整。

    目前醫生較常采用的方案有：
    1、利福平與磺胺增效劑聯合治療，每日一次口服利福平3至4片(450毫克至600毫克)，磺胺增效劑2片(200毫克)15天，改為利福平2片(300毫克)，磺胺增效劑100毫克105天，標準療程4個月。其缺點為利福平有肝毒性作用，而且用藥時間長；病人多難以堅持到底。采取此方案治療的患者，應定期檢查肝功能。
    2、紅霉素2片(0．25克)每日4次，或者四環素2片(0．5克)每日4次，連服15天。或者服用阿奇霉素，每天服用一次即可。優點為對支原體感染亦有效。
    3、氟嗪酸2片(0．2克)每日3次，或者環丙氟呢酸2片(0．5克)，每日2次，連服15天。
    4、美滿霉素2片(0．1克)每日2次，或者泰利特l片(0．25克)每日2次，連服15天。

    另外，在口服定量抗生素的前提下，加服保泰松或者皮質激素有加強抗生素對前列腺通透的作用，可以在醫生指導下應用。